Le traitement dure en général une heure. Le/la client-e, habillé-e de vêtements confortables, est allongé(e) sur un futon à même le sol. Suivant les cas, le travail peut se faire également en position assise ou bien sur une sorte de table basse. Le bilan énergétique détermine le déroulement individuel du traitement qui est adapté aux besoins actuels du client/de la cliente. La séance se déroule dans un silence méditatif qui permet aux client-e-s d’ »écouter ce qui se passe à l’intérieur d’eux/elles-mêmes » et aux thérapeutes de travailler en harmonie avec la trame énergétique. Ainsi s’instaure un climat de confiance où le shiatsu devient une forme de communication silencieuse et profonde et le traitement un véritable « art du toucher ».